121 पेपर
MORPHE एक AI फ्रेमवर्क है जो स्थानिक ओमिक्स (spatial omics) और इमेज जनरेशन के बीच के अंतर को पाटता है, जो विविक्त सेल पहचानों (discrete cell identities) और स्थानिक संबंधों को एक निरंतर लेटेंट स्पेस (continuous latent space) में मैप करता है, जिससे 2D और 3D डेटासेट में सिंगल-सेल रिज़ॉल्यूशन पर जैविक रूप से विश्वसनीय ऊतक संरचनाओं (tissue architectures) का संश्लेषण, पुनर्निर्माण और विस्तार संभव हो पाता है।
यह अध्ययन एक मात्रात्मक, पैरामीटर-मुक्त ढांचा स्थापित करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि भुखमरी के दौरान जीवाणु प्रतिस्पर्धा नेक्रोमास पुनर्चक्रण (necromass recycling) द्वारा संचालित होती है, जहाँ रखरखाव की मांगों और पोषक तत्वों के अवशोषण में शारीरिक अंतर आवृत्ति-निर्भर उत्तरजीविता गतिशीलता (frequency-dependent survival dynamics) उत्पन्न करते हैं जिसे एक साझा-ऊर्जा-पूल मॉडल द्वारा सटीक रूप से अनुमानित किया जा सकता है।
यह शोध पत्र एक एकीकृत बेंचमार्क प्रस्तुत करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि सिंगल-सेल फाउंडेशन मॉडल हस्तांतरणीय जीन नियामक और गतिशील पूर्ववृत्त (priors) को एनकोड करते हैं, जिसमें scGPT के टोकन एम्बेडिंग्स और scFoundation के रिकंस्ट्रक्शन हेड जैसे विशिष्ट घटक ज़ीरो-शॉट सेटिंग्स के तहत स्टैटिक नेटवर्क पुनर्निर्माण और डायनेमिक ट्रांज़िशन प्रोबिंग में शास्त्रीय विधियों से बेहतर प्रदर्शन करते हैं।
यह अध्ययन *C. elegans* कनेक्टोम का पहला साइन्ड मोटिफ विश्लेषण प्रस्तुत करता है, जो विशिष्ट तीन-नोड पैटर्न जैसे कि पॉजिटिव फीडफॉरवर्ड और नेगेटिव फीडबैक लूप की अधिकता को प्रकट करता है जिनके विशिष्ट न्यूरोनल लेआउट हैं, जिससे जैविक नेटवर्क संगठन को समझने के लिए साइन्ड मोटिफ विश्लेषण की उपयोगिता प्रदर्शित होती है।
यह शोध पत्र एक शिथिल (relaxed), बहु-उद्देश्यीय अनुकूलन एल्गोरिदम का प्रस्ताव करता है जो शोर वाले जीन नियामक नेटवर्क में अनेक-से-अनेक (many-to-many) ऑर्थोलॉजी मैपिंग को समायोजित करके, प्रजातियों के बीच बड़े, सुसंगत संरक्षित नियामक मॉड्यूल की सफलतापूर्वक पहचान करने के लिए सख्त टोपोलॉजिकल संरेखण की सीमाओं को दूर करता है।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि *S. cerevisiae* में प्रोटीनों की संरचनात्मक स्थिरता, टर्नओवर गतिकी (turnover kinetics) और प्रचुरता, प्रोटीन-प्रोटीन संपर्क नेटवर्क पर प्रमुख बाधाओं के रूप में कार्य करती है, जो विशेष रूप से प्रचुर लेकिन अस्थिर प्रोटीनों की व्यापकता के माध्यम से अत्यधिक जुड़े हुए हब के निर्माण को प्रेरित करती है, जबकि नेटवर्क बॉटलनेक्स (bottlenecks) को अप्रभावित छोड़ देती है।
यह शोध पत्र एक अनिश्चितता-जागरूक ग्राफ प्रतिनिधित्व शिक्षण ढांचे को प्रस्तुत करता है जो परिधीय धमनी रोग (पैरिफेरल आर्टरी डिजीज) के लिए नवीन और सु-अंशांकित बायोमार्कर को प्राथमिकता देने के लिए पॉजिटिव-अनलेबल वर्गीकरण और एनसेंबल विधियों को एकीकृत करता है, जो मौजूदा बेसलाइन की तुलना में बेहतर भविष्य कहनेवाला प्रदर्शन और जैविक प्रासंगिकता प्रदर्शित करता है।
छह काइनेटिक मॉडलों की तुलना करने वाले कंप्यूटर प्रयोगों के माध्यम से, यह अध्ययन ई. कोलाई (E. coli) में अमोनियम परिवहन के लिए एक इलेक्ट्रो-बाइंडिंग तंत्र की पहचान करता है जो ऊर्जा युग्मन (energy coupling) की व्याख्या करता है और यह प्रकट करता है कि कैसे एएमटीबी (AmtB) ट्रांसपोर्टर और ग्लूटामाइन सिंथेटेस का समन्वित विनियमन विभिन्न पर्यावरणीय परिस्थितियों में मजबूत विकास सुनिश्चित करने के लिए व्यर्थ चक्रण (futile cycling) को न्यूनतम करता है।
यह शोध पत्र ट्रैफ़िक (Trafikk) को प्रस्तुत करता है, जो एक आणविक-संकेत नेटवर्क-आधारित ढांचा है जो विविध कोशिकीय संदर्भों में यह अंतर्दृष्टि प्रदान करते हुए कि सहक्रियात्मक प्रभाव कैसे उभरते हैं, कैंसररोधी दवाओं की सहक्रियात्मकता के लिए उच्च भविष्य कहनेवाला सटीकता प्राप्त करता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि *एकरिमन्सिया म्यूसिनिफिला* (Akkermansia muciniphila) आंत के सूक्ष्मजीवों (gut microbiota) और मेटाबोलोम को पुनर्गठित करके ओलेॉयल इथेनॉलमाइड (oleoylethanolamide) के स्तर को बढ़ाकर फ्रक्टोज-प्रेरित मेटाबॉलिक सिंड्रोम को कम करता है, जो तत्पश्चात चयापचय स्वास्थ्य में सुधार के लिए गट-हाइपोथैलेमस अक्ष (gut-hypothalamus axis) को सक्रिय करता है।