142 पेपर
यह शोध पत्र एक इष्टतम एल्गोरिद्मिक दृष्टिकोण प्रस्तुत करता है जो शोर युक्त प्रयोगात्मक डेटा से एसिंक्रोनस बूलियन नेटवर्क मॉडल का अनुमान लगाने के लिए एल्गोरिद्मिक जटिलता का लाभ उठाता है, जो मॉडल फिट, आकार और कम्प्यूटेशनल दक्षता को प्रभावी ढंग से संतुलित करता है।
यह शोध पत्र डीप मैकेनिस्टिक मॉडल्स (DMMs) को प्रस्तुत करता है, जो एक ऐसा ढांचा है जो सेमी-सुपरवाइज्ड रिप्रेजेंटेशन लर्निंग को ऑर्डिनरी डिफरेंशियल इक्वेशन मॉडल्स के साथ एकीकृत करता है ताकि यह प्रकट किया जा सके कि स्तन ग्रंथि (मैमरी) MAPK सिग्नलिंग विषमता मुख्य रूप से कोर पाथवे विविधताओं के बजाय पाथवे-एक्सट्रिंसिक कारकों द्वारा संचालित होती है, और साथ ही मॉडल विसंगतियों का उपयोग करके नवीन जैविक तंत्रों की पहचान करता है।
यह शोध पत्र बायोकेमिकल सिस्टम थ्योरी के लिए डिस्क्रिप्टर्स का एक कोवेरिएंट पदानुक्रम (cBST1–cBST3) प्रस्तुत करता है जो नॉनलीनियर रीपैरामीट्राइजेशन के तहत कोऑर्डिनेट कंसिस्टेंसी सुनिश्चित करता है और यीस्ट ग्लाइकोलाइसिस मॉडल पर मात्रात्मक सत्यापन के माध्यम से यह प्रदर्शित करता है कि ये उच्च-क्रम के पद शास्त्रीय विधियों की तुलना में अनुमान त्रुटियों को महत्वपूर्ण रूप से कम करते हैं और ट्रंकेशन व्यवहार की सटीक भविष्यवाणी करते हैं।
यह शोध पत्र एक चार-प्रकार के वर्गीकरण को पेश करके रासायनिक अभिक्रिया नेटवर्क में स्टोकेस्टिक विस्तृत संतुलन (stochastic detailed balance) की आयतन निर्भरता का व्यवस्थित रूप से लक्षण वर्णन करता है, जो पैरामीटर-निर्भर और संरचनात्मक रूप से प्रवर्तित संतुलन के बीच अंतर करता है, और उन नेटवर्क वर्गों की पहचान करता है जो सभी आयतनों और दर स्थिरांकों के लिए विस्तृत संतुलन को संतुष्ट करते हैं जबकि डबल-वेल ग्लोबल पोटेंशियल वाले सिस्टम के निर्माण को सक्षम करते हैं।
MASLD के एक आनुवंशिक रूप से विविध माउस मॉडल में QTL मैपिंग के साथ गहन प्रोटिओमिक प्रोफाइलिंग को एकीकृत करके, यह अध्ययन एक व्यापक जीन-प्रोटीन-फेनोटाइप नेटवर्क का निर्माण करता है जो रोग संवेदनशीलता से प्रोटीन होमियोस्टेसिस और लिपिड चयापचय को जोड़ने वाले एक केंद्रीय नियामक के रूप में E3 यूबिक्विटिन लाइगेज Ubr1 की पहचान करता है।
यह अध्ययन मानव सीरम में इनक्यूबेट किए गए जेनोपस ओसाइट्स (Xenopus oocytes) का उपयोग करते हुए एक स्केलेबल, अनटारगेटेड मेटाबोलोमिक्स प्लेटफॉर्म पेश करता है, जिसने पांच मानव सॉल्यूट कैरियर प्रोटीनों के ज्ञात सबस्ट्रेट्स को पुनः प्राप्त करने और नवीन ट्रांसपोर्टेड मेटाबोलाइट्स की पहचान करने के माध्यम से उन्हें सफलतापूर्वक डीऑर्फ़ानाइज़ (deorphanize) और उनके सबस्ट्रेट विशिष्टताओं को चरित्रित किया है।
यह अध्ययन एक मात्रात्मक जैव-भौतिक मॉडल का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि स्टोर-ऑपरेटेड कैल्शियम एंट्री (SOCE), कैल्शियम रिलीज को बनाए रखकर रेजिस्टेंस एक्सरसाइज के दौरान कंकाल की मांसपेशियों के बल को बढ़ाता है, लेकिन फॉस्फेट संचय के कारण उच्च-तीव्रता वाले प्रशिक्षण के दौरान थकान को बढ़ा सकता है, जो एक ऐसा ट्रेड-ऑफ है जिसे माइटोकॉन्ड्रियल फॉस्फेट अपटेक द्वारा नियंत्रित किया जाता है।
यह अध्ययन *C. elegans* mRNA परिदृश्यों को मात्रात्मक रूप से चित्रित करने के लिए उच्च-कवरेज सिंगल-सेल आरएनए सीक्वेंसिंग डेटा हेतु एक नवीन पर्यवेक्षित क्लस्टरिंग दृष्टिकोण प्रस्तुत करता है, जो अभूतपूर्व कोशिका-प्रकार-विशिष्ट जीन अभिव्यक्ति कार्यक्रमों को प्रकट करता है और उन नवीन ऊतक-प्रतिबंधित जीनों की पहचान करता है जो पहले निम्न कवरेज थ्रेशोल्ड पर पता लगाने योग्य नहीं थे।
यह शोध पत्र ChatGEM को प्रस्तुत करता है, जो एक एजेंटिक प्लेटफॉर्म है जो जीनोम-स्केल मेटाबोलिक मॉडलिंग को लोकतांत्रिक बनाने के लिए प्राकृतिक भाषा और रिट्रीवल-ऑगमेंटेड जनरेशन का लाभ उठाता है, जिससे बिना कम्प्यूटेशनल विशेषज्ञता वाले शोधकर्ता जटिल सिमुलेशन करने और बायोप्रोडक्शन के लिए इष्टतम सूक्ष्मजीव उपभेदों (माइक्रोबियल स्ट्रेन) को सफलतापूर्वक पहचानने में सक्षम होते हैं।
यह अध्ययन विशिष्ट जीन नियामक नेटवर्क आर्किटेक्चर की पहचान करता है, जिनमें पूरी तरह से विच्छेदित संरचनाएं और स्व-सक्रियण या सार्वभौमिक निषेध वाली संरचनाएं शामिल हैं, जो सभी एकल उच्च अवस्थाओं की एक साथ स्थिरता के माध्यम से बहु-भाग्य (multi-fate) सेलुलर निर्णयों का समर्थन करने में सैद्धांतिक रूप से सक्षम हैं।